Flora y Fauna
La parroquia San Javier se localiza completamente dentro del bosque húmedo tropical, atravesado por una importante fuente de agua dulce como es el Río Cachaví y posee en su territorio un sinnúmero de quebradas y vertientes naturales.
Todo el bosque de la parroquia ha sido prácticamente intervenido, sea para explotación maderera o para actividades agroindustriales y en algunos casos para ganadería, pero se están intentando recuperar algunas áreas en las que aún queda buena presencia de bosque.
El territorio de la parroquia está inmerso en el ecosistema del bosque húmedo tropical, atravesado por una importante fuente hídrica como es el Río Cachaví sumado a otros riachuelos y quebradas que configuran el mapa hidrológico de la parroquia.
FLORA
La presencia de actividades mineras en la zona, ha provocado una preocupante contaminación de las fuentes hídricas y la tala indiscriminada de los bosques ha traído como consecuencia la disminución de los cauces de los Ríos y la desaparición de algunas quebradas. La degradación de los suelos es muy evidente y existe el riesgo potencial de contraer enfermedades por la contaminación de los Ríos.
San Javier no tiene en su territorio grandes cultivos de Palma, la presencia de empresas palma cultora es mínima y se desarrolla en una pequeña parte del territorio en los linderos con la parroquia Carondelet. En medio de estas dificultades, San Javier cuenta con tierras aptas para la agricultura.
Cuenta con tierras comunitarias aunque en poca extensión, y sus bosques prácticamente están todos intervenidos. La principal amenaza para este sistema ambiental es la expansión de las actividades mineras en la parte alta del Río Cachaví, ya que han provocado una severa contaminación de estas aguas, poniendo en grave riesgo la salud y la vida de sus habitantes.